En enero de 2016, mientras entrenaba con la formación del equipo Giant-Alpecin en las proximidades de la localidad valenciana de Calpe, en Alicante (España), John Degenkolb y cinco de sus compañeros fueron atropellados por una conductora que invadió el carril contrario. Los dos ciclistas más afectados fueron Degenkolb y Chad Haga, trasladados con politraumatismos a los hospitales de San Juan y Denia. Desde aquel suceso, John Degenkolb modificó sus hábitos a la hora de entrenar sobre la bicicleta, adoptando nuevas medidas de seguridad como las luces diurnas: "Es lógico que mi bici tenga luces, igual que las tiene mi moto. Me sorprende que haya tardado tanto en usarlas. Espero que mi experiencia pueda ayudar a otros".
